Содержание курса
1. Where in the Genome Does DNA Replication Begin?
23 урока
508 641
206 952
631м
3921
Закрытый
1.1
A Journey of a Thousand Miles. . .
↗
88 333
0
6м 14с
1707
Открытый
1.2
Hidden Messages in the Replication Origin
↗
64 532
6 615
71м 33с
725
Закрытый
1.3
Some Hidden Messages are More Surprising than Others
↗
35 545
13 219
40м 25с
200
Закрытый
1.4
An Explosion of Hidden Messages
↗
29 761
7 569
83м 26с
134
Закрытый
1.5
The Simplest Way to Replicate DNA
↗
24 640
20 310
5м 39с
185
Закрытый
1.6
Asymmetry of Replication
↗
21 304
19 021
4м 51с
107
Закрытый
1.7
Peculiar Statistics of the Forward and Reverse Half-Strands
↗
20 444
3 951
49м 34с
60
Закрытый
1.8
Some Hidden Messages are More Elusive than Others
↗
19 208
3 144
164м 18с
39
Закрытый
1.9
A Final Attempt at Finding DnaA Boxes in E. coli
↗
15 987
13 334
3м 19с
49
Закрытый
1.10
Epilogue: Complications in ori Predictions
↗
14 705
3 443
15м 17с
48
Закрытый
1.11
CS: The Frequency Array
↗
19 958
5 809
80м 16с
39
Закрытый
1.12
CS: Converting Patterns to Numbers and Vice-Versa
↗
14 917
5 146
24м 52с
49
Закрытый
1.13
CS: Finding Frequent Words by Sorting
↗
13 484
10 909
2м 37с
37
Закрытый
1.14
CS: Solving the Clump Finding Problem
↗
14 859
10 921
2м 26с
43
Закрытый
1.15
CS: Solving the Frequent Words with Mismatches Problem
↗
10 150
4 604
3м 39с
27
Закрытый
1.16
CS: Generating the Neighborhood of a String
↗
13 130
5 735
27м 29с
11
Закрытый
1.17
CS: Finding Frequent Words with Mismatches by Sorting
↗
8 290
8 290
1м 4с
4
Закрытый
1.18
Detour: Big-O Notation
↗
16 656
16 656
1м 27с
53
Закрытый
1.19
Detour: Probabilities of Patterns in a String
↗
4 270
1 001
41м 24с
2
Закрытый
1.20
Detour: The Most Beautiful Experiment in Biology
↗
25 324
19 925
4м 39с
231
Закрытый
1.21
Detour: Directionality of DNA Strands
↗
25 017
25 017
1м 47с
154
Закрытый
1.22
Detour: The Towers of Hanoi
↗
4 364
1 833
2м 37с
15
Закрытый
1.23
Detour: The Overlapping Words Paradox
↗
3 763
500
2м 3с
2
2. Which DNA Patterns Play the Role of Molecular Clocks?
17 уроков
123 362
70 592
568м
285
Закрытый
2.1
Do We Have a "Clock" Gene?
↗
13 340
12 172
4м 16с
101
Закрытый
2.2
Motif Finding Is More Difficult Than You Think
↗
12 320
6 492
86м 36с
62
Закрытый
2.3
Scoring Motifs
↗
11 180
4 701
36м 16с
76
Закрытый
2.4
From Motif Finding to Finding a Median String
↗
10 549
5 458
54м 30с
57
Закрытый
2.5
Greedy Motif Search
↗
10 149
5 659
145м 13с
-94
Закрытый
2.6
Motif Finding Meets Oliver Cromwell
↗
9 411
5 499
16м 12с
55
Закрытый
2.7
Randomized Motif Search
↗
9 823
4 727
82м 36с
-33
Закрытый
2.8
How Can a Randomized Algorithm Perform So Well?
↗
8 201
2 894
22м 42с
22
Закрытый
2.9
Gibbs Sampling
↗
8 451
4 401
81м 56с
-33
Закрытый
2.10
Gibbs Sampling in Action
↗
7 554
6 589
3м 21с
26
Закрытый
2.11
Epilogue: How Does Tuberculosis Hibernate?
↗
6 860
2 079
4м 53с
33
Закрытый
2.12
CS: Solving the Median String Problem
↗
8 061
3 481
28м 38с
15
Закрытый
2.13
Detour: Gene Expression
↗
1 882
1 882
1м 39с
0
Закрытый
2.14
Detour: DNA Arrays
↗
1 879
1 879
1м 52с
0
Закрытый
2.15
Detour: Buffon's Needle
↗
1 520
766
4м 36с
0
Закрытый
2.16
Detour: Complications in Motif Finding
↗
1 417
1 250
1м 24с
0
Закрытый
2.17
Detour: Relative entropy
↗
765
663
1м 52с
-2
3. How Do We Assemble Genomes?
20 уроков
103 127
56 226
936м
652
Закрытый
3.1
Exploding Newspapers
↗
11 528
8 387
4м 59с
167
Закрытый
3.2
The String Reconstruction Problem
↗
9 906
4 487
28м 22с
81
Закрытый
3.3
String Reconstruction as a Walk in the Overlap Graph
↗
8 156
2 657
84м 47с
51
Закрытый
3.4
Another Graph for String Reconstruction
↗
7 284
4 662
61м 56с
40
Закрытый
3.5
Walking in the de Bruijn Graph
↗
6 891
3 388
27м 7с
42
Закрытый
3.6
The Seven Bridges of Königsberg
↗
6 344
3 250
4м 5с
39
Закрытый
3.7
Euler's Theorem
↗
6 698
5 845
8м 45с
39
Закрытый
3.8
From Euler's Theorem to an Algorithm for Finding Eulerian Cycles
↗
6 375
2 590
304м 5с
38
Закрытый
3.9
Assembling Genomes from Read-Pairs
↗
5 646
1 575
139м 25с
17
Закрытый
3.10
Epilogue: Genome Assembly Faces Real Sequencing Data
↗
4 707
1 000
113м 50с
28
Закрытый
3.11
CS: The Effect of Gluing on the Adjacency Matrix
↗
5 384
5 384
0м 7с
18
Закрытый
3.12
CS: Reconstructing a String from the Paired de Bruijn Graph
↗
3 700
1 588
45м 53с
20
Закрытый
3.13
CS: Maximal Non-Branching Paths in a Graph
↗
4 279
1 187
99м 3с
13
Закрытый
3.14
Detour: A Short History of DNA Sequencing Technologies
↗
1 368
1 188
5м 43с
0
Закрытый
3.15
Detour: Repeats in the Human Genome
↗
1 095
1 095
1м 29с
0
Закрытый
3.16
Detour: An Introduction to Graphs
↗
5 658
2 209
7м 55с
27
Закрытый
3.17
Detour: Hamilton's Icosian Game
↗
1 038
944
1м 18с
0
Закрытый
3.18
Detour: Tractable and Intractable Problems
↗
5 030
2 808
2м 17с
32
Закрытый
3.19
Detour: From Euler to Hamilton to de Bruijn
↗
1 032
974
2м 37с
0
Закрытый
3.20
Detour: The Seven Bridges of Kaliningrad
↗
1 008
1 008
1м 50с
0
4. How Do We Sequence Antibiotics?
19 уроков
81 527
38 082
975м
216
Закрытый
4.1
The Discovery of Antibiotics
↗
7 313
6 982
3м 11с
38
Закрытый
4.2
How Do Bacteria Make Antibiotics?
↗
7 524
2 999
139м 33с
26
Закрытый
4.3
Dodging the Central Dogma of Molecular Biology
↗
6 396
2 286
2м 12с
28
Закрытый
4.4
Sequencing Antibiotics by Shattering Them into Pieces
↗
6 763
4 246
76м 56с
22
Закрытый
4.5
A Brute Force Algorithm for Cyclopeptide Sequencing
↗
6 247
1 165
72м 32с
11
Закрытый
4.6
A Branch-and-Bound Algorithm for Cyclopeptide Sequencing
↗
6 261
2 140
142м 9с
33
Закрытый
4.7
Mass Spectrometry Meets Golf
↗
5 991
975
207м 54с
-17
Закрытый
4.8
From 20 to More than 100 Amino Acids
↗
4 617
686
39м 18с
5
Закрытый
4.9
The Spectral Convolution Saves the Day
↗
5 208
774
109м 39с
21
Закрытый
4.10
Epilogue: From Simulated to Real Spectra
↗
3 753
122
13м 4с
14
Закрытый
4.11
CS: Generating the Theoretical Spectrum of a Peptide
↗
3 891
1 906
40м 44с
21
Закрытый
4.12
CS: How Fast is CyclopeptideSequencing?
↗
5 068
4 502
1м 15с
5
Закрытый
4.13
CS: Trimming the Peptide Leaderboard
↗
3 285
1 397
48м 34с
9
Закрытый
4.14
Detour: Gause and Lysenkoism
↗
1 732
1 553
2м 0с
0
Закрытый
4.15
Detour: The Discovery of Codons
↗
1 694
1 694
1м 4с
0
Закрытый
4.16
Detour: Quorum Sensing
↗
1 735
1 735
1м 12с
0
Закрытый
4.17
Detour: Molecular Mass
↗
1 597
1 597
1м 49с
0
Закрытый
4.18
Detour: Selenocysteine and Pyrrolysine
↗
1 274
1 274
0м 29с
0
Закрытый
4.19
Detour: Pseudo-polynomial Algorithm for the Turnpike Problem
↗
1 178
49
79м 58с
0
5. How Do We Compare Biological Sequences?
21 урок
69 140
30 274
1049м
252
Закрытый
5.1
Cracking the Non-Ribosomal Code
↗
6 426
2 924
7м 10с
76
Закрытый
5.2
Introduction to Sequence Alignment
↗
5 130
2 332
7м 58с
32
Закрытый
5.3
The Manhattan Tourist Problem
↗
4 741
1 883
17м 20с
23
Закрытый
5.4
Sequence Alignment is the Manhattan Tourist Problem in Disguise
↗
4 461
2 306
10м 37с
23
Закрытый
5.5
An Introduction to Dynamic Programming: The Change Problem
↗
4 612
1 976
40м 26с
20
Закрытый
5.6
The Manhattan Tourist Problem Revisited
↗
4 314
1 613
79м 35с
16
Закрытый
5.7
From Manhattan to an Arbitrary DAG
↗
4 037
1 020
20м 10с
23
Закрытый
5.8
Backtracking in the Alignment Graph
↗
4 142
2 219
189м 32с
12
Закрытый
5.9
Scoring Alignments
↗
3 969
3 508
3м 9с
16
Закрытый
5.10
From Global to Local Alignment
↗
3 831
1 532
157м 50с
14
Закрытый
5.11
The Changing Faces of Sequence Alignment
↗
3 641
2 015
125м 46с
8
Закрытый
5.12
Penalizing Insertions and Deletions in Sequence Alignment
↗
3 498
1 295
102м 12с
-9
Закрытый
5.13
Space-Efficient Sequence Alignment
↗
3 219
781
148м 6с
-17
Закрытый
5.14
Epilogue: Multiple Sequence Alignment
↗
2 986
504
68м 43с
1
Закрытый
5.15
Detour: Fireflies and the Non-Ribosomal Code
↗
1 191
1 003
2м 27с
0
Закрытый
5.16
Detour: The Towers of Hanoi
↗
4 364
1 833
2м 37с
15
Закрытый
5.17
Detour: Finding an LCS without Building a City
↗
614
614
1м 53с
0
Закрытый
5.18
Detour: Constructing a Topological Ordering
↗
1 175
61
69м 54с
0
Закрытый
5.19
Detour: PAM Scoring Matrices
↗
960
31
1м 16с
-1
Закрытый
5.20
Detour: Divide-and-Conquer Algorithms
↗
891
770
2м 39с
0
Закрытый
5.21
Detour: Scoring Multiple Alignments
↗
938
54
1м 32с
0
6. Are There Fragile Regions in the Human Genome?
18 уроков
33 120
14 756
856м
95
Закрытый
6.1
Of Mice and Men
↗
2 538
1 174
9м 55с
28
Закрытый
6.2
The Random Breakage Model of Chromosome Evolution
↗
2 236
829
4м 52с
6
Закрытый
6.3
Sorting by Reversals
↗
2 224
1 039
13м 50с
11
Закрытый
6.4
A Greedy Algorithm for Sorting by Reversals
↗
2 966
683
76м 13с
-7
Закрытый
6.5
Breakpoints
↗
2 875
528
39м 2с
4
Закрытый
6.6
Rearrangements in Tumor Genomes
↗
2 099
1 921
2м 4с
11
Закрытый
6.7
From Unichromosomal to Multichromosomal Genomes
↗
2 066
1 864
6м 22с
13
Закрытый
6.8
Breakpoint Graphs
↗
2 408
1 171
7м 45с
7
Закрытый
6.9
Computing the 2-Break Distance
↗
2 859
775
221м 38с
9
Закрытый
6.10
Rearrangement Hotspots in the Human Genome
↗
1 952
961
3м 26с
17
Закрытый
6.11
Epilogue: Synteny Block Construction
↗
2 609
202
113м 57с
3
Закрытый
6.12
CS: From Genomes to the Breakpoint Graph
↗
2 025
815
187м 55с
4
Закрытый
6.13
CS: Solving the 2-Break Sorting Problem
↗
1 933
609
169м 53с
-11
Закрытый
6.14
Detour: Why is the Gene Content of X Chromosomes So Conserved?
↗
551
551
1м 50с
0
Закрытый
6.15
Detour: Discovery of Genome Rearrangements
↗
493
493
1м 52с
0
Закрытый
6.16
Detour: The Exponential Distribution
↗
443
390
2м 36с
0
Закрытый
6.17
Detour: Bill Gates and David X. Cohen Flip Pancakes
↗
497
464
2м 16с
0
Закрытый
6.18
Detour: Sorting Linear Permutations by Reversals
↗
346
287
2м 48с
0