Содержание курса
1. Where in the Genome Does Replication Begin?
17 уроков
23
8
439м
186
Открытый
1.1
A Journey of a Thousand Miles. . .
↗
8
4
2м 48с
5
Закрытый
1.2
Hidden Messages in the Replication Origin
↗
3
0
48м 38с
5
Закрытый
1.3
Some Hidden Messages are More Surprising than Others
↗
1
0
31м 55с
2
Закрытый
1.4
An Explosion of Hidden Messages
↗
1
0
71м 50с
2
Закрытый
1.5
The Simplest Way to Replicate DNA
↗
1
1
4м 49с
3
Закрытый
1.6
Asymmetry of Replication
↗
1
1
3м 5с
3
Закрытый
1.7
Peculiar Statistics of the Forward and Reverse Half-Strands
↗
1
0
42м 52с
2
Закрытый
1.8
Some Hidden Messages are More Elusive than Others
↗
1
0
110м 56с
30
Закрытый
1.9
A Final Attempt at Finding DnaA Boxes in E. coli
↗
1
1
2м 38с
3
Закрытый
1.10
Epilogue: Complications in ori Predictions
↗
1
0
27м 6с
1
Закрытый
1.11
CS: Generating the Neighborhood of a String
↗
1
0
20м 45с
-1
Закрытый
1.12
Detour: Big-O Notation
↗
0
0
1м 29с
31
Закрытый
1.13
Detour: Probabilities of Patterns in a String
↗
1
0
71м 13с
1
Закрытый
1.14
Detour: The Most Beautiful Experiment in Biology
↗
1
0
3м 7с
3
Закрытый
1.15
Detour: Directionality of DNA Strands
↗
0
0
1м 50с
86
Закрытый
1.16
Detour: The Towers of Hanoi
↗
0
0
2м 6с
8
Закрытый
1.17
Detour: The Overlapping Words Paradox
↗
1
1
2м 59с
2
2. Which DNA Patterns Play the Role of Molecular Clocks?
17 уроков
1
0
555м
167
Закрытый
2.1
Do We Have a "Clock" Gene?
↗
1
0
3м 19с
2
Закрытый
2.2
Motif Finding Is More Difficult Than You Think
↗
0
0
69м 22с
1
Закрытый
2.3
Scoring Motifs
↗
0
0
39м 40с
41
Закрытый
2.4
From Motif Finding to Finding a Median String
↗
0
0
52м 10с
27
Закрытый
2.5
Greedy Motif Search
↗
0
0
165м 33с
-9
Закрытый
2.6
Motif Finding Meets Oliver Cromwell
↗
0
0
17м 58с
29
Закрытый
2.7
Randomized Motif Search
↗
0
0
76м 48с
21
Закрытый
2.8
How Can a Randomized Algorithm Perform So Well?
↗
0
0
20м 4с
0
Закрытый
2.9
Gibbs Sampling
↗
0
0
68м 11с
6
Закрытый
2.10
Gibbs Sampling in Action
↗
0
0
4м 1с
19
Закрытый
2.11
Epilogue: How Does Tuberculosis Hibernate?
↗
0
0
4м 11с
16
Закрытый
2.12
CS: Solving the Median String Problem
↗
0
0
31м 34с
16
Закрытый
2.13
Detour: Gene Expression
↗
0
0
1м 42с
0
Закрытый
2.14
Detour: DNA Arrays
↗
0
0
1м 55с
0
Закрытый
2.15
Detour: Buffon's Needle
↗
0
0
4м 32с
0
Закрытый
2.16
Detour: Complications in Motif Finding
↗
0
0
1м 17с
0
Закрытый
2.17
Detour: Relative entropy
↗
0
0
1м 50с
-2
3. How Do We Assemble Genomes?
23 урока
0
0
895м
359
Закрытый
3.1
Exploding Newspapers
↗
0
0
3м 28с
92
Закрытый
3.2
The String Reconstruction Problem
↗
0
0
25м 40с
48
Закрытый
3.3
String Reconstruction as a Walk in the Overlap Graph
↗
0
0
89м 24с
1
Закрытый
3.4
Another Graph for String Reconstruction
↗
0
0
65м 45с
29
Закрытый
3.5
Walking in the de Bruijn Graph
↗
0
0
23м 10с
24
Закрытый
3.6
The Seven Bridges of Königsberg
↗
0
0
4м 11с
25
Закрытый
3.7
Euler's Theorem
↗
0
0
8м 40с
25
Закрытый
3.8
From Euler's Theorem to an Algorithm for Finding Eulerian Cycles
↗
0
0
292м 58с
0
Закрытый
3.9
Assembling Genomes from Read-Pairs
↗
0
0
160м 54с
18
Закрытый
3.10
Epilogue: Genome Assembly Faces Real Sequencing Data
↗
0
0
152м 36с
16
Закрытый
3.11
CS: The Effect of Gluing on the Adjacency Matrix
↗
0
0
0м 7с
13
Закрытый
3.12
CS: Generating All Eulerian Cycles
↗
0
0
1м 29с
0
Закрытый
3.13
CS: Reconstructing a String from the Paired de Bruijn Graph
↗
0
0
40м 41с
16
Закрытый
3.14
CS: Maximal Non-Branching Paths in a Graph
↗
0
0
10м 47с
12
Закрытый
3.15
Detour: A Short History of DNA Sequencing Technologies
↗
0
0
4м 14с
0
Закрытый
3.16
Detour: Repeats in the Human Genome
↗
0
0
2м 30с
0
Закрытый
3.17
Detour: An Introduction to Graphs
↗
0
0
7м 25с
19
Закрытый
3.18
Detour: Hamilton's Icosian Game
↗
0
0
2м 33с
0
Закрытый
3.19
Detour: Tractable and Intractable Problems
↗
0
0
3м 40с
20
Закрытый
3.20
Detour: From Euler to Hamilton to de Bruijn
↗
0
0
2м 51с
0
Закрытый
3.21
Detour: The Seven Bridges of Kaliningrad
↗
0
0
1м 54с
0
Закрытый
3.22
Detour: The BEST Theorem
↗
0
0
1м 23с
1
Закрытый
3.23
Detour: Pitfalls of assembling double-stranded DNA
↗
0
0
2м 31с
0
4. How Do We Sequence Antibiotics?
20 уроков
0
0
1080м
106
Закрытый
4.1
The Discovery of Antibiotics
↗
0
0
3м 54с
1
Закрытый
4.2
How Do Bacteria Make Antibiotics?
↗
0
0
100м 7с
2
Закрытый
4.3
Dodging the Central Dogma of Molecular Biology
↗
0
0
2м 27с
2
Закрытый
4.4
Sequencing Antibiotics by Shattering Them into Pieces
↗
0
0
97м 39с
17
Закрытый
4.5
A Brute Force Algorithm for Cyclopeptide Sequencing
↗
0
0
88м 58с
9
Закрытый
4.6
A Branch-and-Bound Algorithm for Cyclopeptide Sequencing
↗
0
0
201м 57с
22
Закрытый
4.7
Mass Spectrometry Meets Golf
↗
0
0
251м 8с
1
Закрытый
4.8
From 20 to More than 100 Amino Acids
↗
0
0
40м 37с
2
Закрытый
4.9
The Spectral Convolution Saves the Day
↗
0
0
66м 53с
14
Закрытый
4.10
Epilogue: From Simulated to Real Spectra
↗
0
0
115м 6с
7
Закрытый
4.11
CS: Generating the Theoretical Spectrum of a Peptide
↗
0
0
52м 12с
17
Закрытый
4.12
CS: How Fast is CyclopeptideSequencing?
↗
0
0
1м 26с
3
Закрытый
4.13
CS: Trimming the Peptide Leaderboard
↗
0
0
55м 35с
9
Закрытый
4.14
Detour: Gause and Lysenkoism
↗
0
0
2м 7с
0
Закрытый
4.15
Detour: The Discovery of Codons
↗
0
0
1м 6с
0
Закрытый
4.16
Detour: Quorum Sensing
↗
0
0
1м 14с
0
Закрытый
4.17
Detour: Molecular Mass
↗
0
0
1м 52с
0
Закрытый
4.18
Detour: Selenocysteine and Pyrrolysine
↗
0
0
1м 32с
0
Закрытый
4.19
Detour: Pseudo-polynomial Algorithm for the Turnpike Problem
↗
0
0
1м 17с
0
Закрытый
4.20
Detour: Split genes
↗
0
0
2м 55с
0
5. How Do We Compare Biological Sequences?
20 уроков
16
2
1352м
129
Закрытый
5.1
Cracking the Non-Ribosomal Code
↗
0
0
6м 58с
37
Закрытый
5.2
Introduction to Sequence Alignment
↗
0
0
5м 21с
15
Закрытый
5.3
The Manhattan Tourist Problem
↗
0
0
15м 5с
12
Закрытый
5.4
Sequence Alignment is the Manhattan Tourist Problem in Disguise
↗
1
0
10м 47с
10
Закрытый
5.5
An Introduction to Dynamic Programming: The Change Problem
↗
1
0
33м 11с
9
Закрытый
5.6
The Manhattan Tourist Problem Revisited
↗
1
0
58м 52с
11
Закрытый
5.7
From Manhattan to an Arbitrary DAG
↗
1
0
29м 54с
14
Закрытый
5.8
Backtracking in the Alignment Graph
↗
1
0
83м 29с
13
Закрытый
5.9
Scoring Alignments
↗
1
1
3м 31с
0
Закрытый
5.10
From Global to Local Alignment
↗
1
0
230м 27с
8
Закрытый
5.11
The Changing Faces of Sequence Alignment
↗
1
0
388м 18с
8
Закрытый
5.12
Penalizing Insertions and Deletions in Sequence Alignment
↗
1
0
47м 43с
-3
Закрытый
5.13
Space-Efficient Sequence Alignment
↗
1
0
329м 19с
-5
Закрытый
5.14
Epilogue: Multiple Sequence Alignment
↗
1
0
41м 36с
1
Закрытый
5.15
Detour: Fireflies and the Non-Ribosomal Code
↗
1
0
4м 43с
0
Закрытый
5.16
Detour: Finding an LCS without Building a City
↗
1
1
1м 56с
0
Закрытый
5.17
Detour: Constructing a Topological Ordering
↗
1
0
66м 17с
0
Закрытый
5.18
Detour: PAM Scoring Matrices
↗
1
0
2м 47с
-1
Закрытый
5.19
Detour: Divide-and-Conquer Algorithms
↗
1
0
1м 8с
0
Закрытый
5.20
Detour: Scoring Multiple Alignments
↗
0
0
1м 47с
0
6. Are There Fragile Regions in the Human Genome?
18 уроков
0
0
1030м
49
Закрытый
6.1
Of Mice and Men
↗
0
0
8м 51с
13
Закрытый
6.2
The Random Breakage Model of Chromosome Evolution
↗
0
0
4м 50с
2
Закрытый
6.3
Sorting by Reversals
↗
0
0
24м 25с
4
Закрытый
6.4
A Greedy Algorithm for Sorting by Reversals
↗
0
0
93м 46с
2
Закрытый
6.5
Breakpoints
↗
0
0
52м 21с
4
Закрытый
6.6
Rearrangements in Tumor Genomes
↗
0
0
2м 8с
3
Закрытый
6.7
From Unichromosomal to Multichromosomal Genomes
↗
0
0
9м 32с
0
Закрытый
6.8
Breakpoint Graphs
↗
0
0
6м 24с
3
Закрытый
6.9
Computing the 2-Break Distance
↗
0
0
234м 11с
6
Закрытый
6.10
Rearrangement Hotspots in the Human Genome
↗
0
0
4м 4с
6
Закрытый
6.11
Epilogue: Synteny Block Construction
↗
0
0
152м 4с
1
Закрытый
6.12
CS: From Genomes to the Breakpoint Graph
↗
0
0
251м 38с
6
Закрытый
6.13
CS: Solving the 2-Break Sorting Problem
↗
0
0
182м 23с
-1
Закрытый
6.14
Detour: Why is the Gene Content of X Chromosomes So Conserved?
↗
0
0
1м 52с
0
Закрытый
6.15
Detour: Discovery of Genome Rearrangements
↗
0
0
1м 54с
0
Закрытый
6.16
Detour: The Exponential Distribution
↗
0
0
1м 24с
0
Закрытый
6.17
Detour: Bill Gates and David X. Cohen Flip Pancakes
↗
0
0
3м 37с
0
Закрытый
6.18
Detour: Sorting Linear Permutations by Reversals
↗
0
0
2м 30с
0
7. Which Animal Gave Us SARS?
19 уроков
0
0
1045м
92
Закрытый
7.1
The Fastest Outbreak
↗
0
0
3м 12с
33
Закрытый
7.2
Transforming Distance Matrices into Evolutionary Trees
↗
0
0
188м 26с
24
Закрытый
7.3
Toward An Algorithm for Distance-Based Phylogeny Construction
↗
0
0
68м 59с
11
Закрытый
7.4
Additive Phylogeny
↗
0
0
126м 21с
6
Закрытый
7.5
Using Least Squares to Construct Approximate Phylogenies
↗
0
0
11м 45с
3
Закрытый
7.6
Ultrametric Evolutionary Trees
↗
0
0
126м 33с
7
Закрытый
7.7
The Neighbor-Joining Algorithm
↗
0
0
93м 5с
4
Закрытый
7.8
Character-Based Tree Reconstruction
↗
0
0
5м 48с
6
Закрытый
7.9
The Small Parsimony Problem
↗
0
0
229м 53с
0
Закрытый
7.10
The Large Parsimony Problem
↗
0
0
181м 2с
-6
Закрытый
7.11
Epilogue: Evolutionary Trees Fight Crime
↗
0
0
3м 5с
4
Закрытый
7.12
Detour: When Did HIV Jump from Primates to Humans?
↗
0
0
1м 11с
0
Закрытый
7.13
Detour: Searching for a Tree Fitting a Distance Matrix
↗
0
0
1м 23с
0
Закрытый
7.14
Detour: The Four Point Condition
↗
0
0
1м 13с
0
Закрытый
7.15
Detour: Did Bats Give Us SARS?
↗
0
0
2м 42с
0
Закрытый
7.16
Detour: Why Does the Neighbor-Joining Algorithm Work?
↗
0
0
2м 11с
0
Закрытый
7.17
Detour: Computing Limb Lengths in the Neighbor-Joining Algorithm
↗
0
0
1м 8с
0
Закрытый
7.18
Detour: Giant Panda: Bear or Raccoon?
↗
0
0
1м 0с
0
Закрытый
7.19
Detour: Where Did Humans Come From?
↗
0
0
2м 24с
0
8. How Did Yeast Become a Wine Maker?
21 урок
0
0
300м
45
Закрытый
8.1
An Evolutionary History of Wine-Making
↗
0
0
3м 41с
14
Закрытый
8.2
Identifying Genes Responsible for the Diauxic Shift
↗
0
0
6м 40с
0
Закрытый
8.3
Introduction to Clustering
↗
0
0
6м 5с
6
Закрытый
8.4
The Good Clustering Principle
↗
0
0
2м 4с
3
Закрытый
8.5
Clustering as an Optimization Problem
↗
0
0
9м 27с
4
Закрытый
8.6
Farthest First Traversal
↗
0
0
35м 20с
4
Закрытый
8.7
k-Means Clustering
↗
0
0
32м 8с
1
Закрытый
8.8
The Lloyd Algorithm
↗
0
0
65м 39с
-3
Закрытый
8.9
Clustering Genes Implicated in the Diauxic Shift
↗
0
0
1м 19с
2
Закрытый
8.10
Limitations of k-means Clustering
↗
0
0
2м 34с
1
Закрытый
8.11
From Coin Flipping to k-Means Clustering
↗
0
0
7м 4с
1
Закрытый
8.12
Making Soft Decisions in Coin Flipping
↗
0
0
2м 15с
3
Закрытый
8.13
Soft k-Means Clustering
↗
0
0
3м 58с
1
Закрытый
8.14
Hierarchical Clustering
↗
0
0
114м 2с
4
Закрытый
8.15
Epilogue: Clustering Tumor Samples
↗
0
0
2м 15с
5
Закрытый
8.16
Detour: Whole Genome Duplication or a Series of Duplications?
↗
0
0
1м 24с
0
Закрытый
8.17
Detour: Measuring Gene Expression
↗
0
0
1м 27с
0
Закрытый
8.18
Detour: Microarrays
↗
0
0
1м 18с
0
Закрытый
8.19
Detour: Proof of the Center of Gravity Theorem
↗
0
0
1м 21с
0
Закрытый
8.20
Detour: Gene Expression Matrix to a Distance/Similarity Matrix
↗
0
0
1м 52с
0
Закрытый
8.21
Detour: Clustering and Corrupted Cliques
↗
0
0
4м 51с
-1
9. How Do We Locate Disease-Causing Mutations?
22 урока
0
0
786м
62
Закрытый
9.1
What Causes Ohdo Syndrome?
↗
0
0
5м 55с
25
Закрытый
9.2
Introduction to Multiple Pattern Matching
↗
0
0
2м 19с
4
Закрытый
9.3
Herding Patterns into a Trie
↗
0
0
108м 8с
5
Закрытый
9.4
Preprocessing the Genome Instead
↗
0
0
5м 41с
1
Закрытый
9.5
Suffix Trees
↗
0
0
263м 18с
2
Закрытый
9.6
Suffix Arrays
↗
0
0
11м 20с
4
Закрытый
9.7
The Burrows-Wheeler Transform
↗
0
0
17м 10с
1
Закрытый
9.8
A First Attempt at Inverting the Burrows-Wheeler Transform
↗
0
0
2м 10с
1
Закрытый
9.9
The First-Last Property and Burrows-Wheeler Inversion
↗
0
0
58м 16с
6
Закрытый
9.10
Pattern Matching with the Burrows-Wheeler Transform
↗
0
0
64м 50с
2
Закрытый
9.11
Speeding Up Burrows-Wheeler Pattern Matching
↗
0
0
22м 7с
2
Закрытый
9.12
Where are the Matched Patterns?
↗
0
0
2м 19с
2
Закрытый
9.13
Burrows and Wheeler Set Up Checkpoints
↗
0
0
52м 0с
1
Закрытый
9.14
Epilogue: Mismatch-Tolerant Read Mapping
↗
0
0
78м 5с
2
Закрытый
9.15
CS: Constructing a Suffix Tree
↗
0
0
1м 24с
0
Закрытый
9.16
CS: Solving the Longest Shared Substring Problem
↗
0
0
66м 31с
2
Закрытый
9.17
CS: Partial Suffix Array Construction
↗
0
0
21м 32с
1
Закрытый
9.18
Detour: The Reference Human Genome
↗
0
0
1м 18с
0
Закрытый
9.19
Detour: Rearrangements, Insertions, & Deletions in Human Genomes
↗
0
0
1м 48с
0
Закрытый
9.20
Detour: The Aho-Corasick Algorithm
↗
0
0
1м 5с
0
Закрытый
9.21
Detour: Suffix Arrays and Suffix Trees
↗
0
0
3м 13с
1
Закрытый
9.22
Detour: Binary Search
↗
0
0
2м 35с
0
10. Why Have Biologists Still Not Developed an HIV Vaccine?
19 уроков
1
1
560м
19
Закрытый
10.1
Classifying the HIV Phenotype
↗
0
0
5м 55с
1
Закрытый
10.2
Gambling with Yakuza
↗
0
0
3м 57с
1
Закрытый
10.3
Two Coins Up the Dealer's Sleeve
↗
0
0
2м 5с
1
Закрытый
10.4
Finding CG-Islands
↗
0
0
2м 12с
1
Закрытый
10.5
Hidden Markov Models
↗
0
0
143м 14с
1
Закрытый
10.6
The Decoding Problem
↗
0
0
144м 50с
1
Закрытый
10.7
Finding the Most Likely Outcome of an HMM
↗
0
0
7м 49с
1
Закрытый
10.8
Profile HMMs for Sequence Alignment
↗
0
0
37м 27с
2
Закрытый
10.9
Classifying Proteins with Profile HMMs
↗
0
0
62м 39с
1
Открытый
10.10
Are Profile HMMs Really All That Useful?
↗
1
1
1м 9с
0
Закрытый
10.11
Learning the Parameters of an HMM
↗
0
0
41м 10с
1
Закрытый
10.12
Soft Decisions in Parameter Estimation
↗
0
0
67м 4с
1
Закрытый
10.13
Baum-Welch Learning
↗
0
0
39м 13с
1
Закрытый
10.14
The Many Faces of HMMs
↗
0
0
1м 17с
1
Закрытый
10.15
Epilogue: Nature is a Tinkerer and not an Inventor
↗
0
0
2м 36с
1
Закрытый
10.16
Detour: The Red Queen Effect
↗
0
0
1м 40с
1
Закрытый
10.17
Detour: Glycosylation
↗
0
0
1м 39с
1
Закрытый
10.18
Detour: DNA Methylation
↗
0
0
1м 39с
1
Закрытый
10.19
Detour: Conditional Probability
↗
0
0
2м 38с
1
11. Was T. rex Just a Big Chicken?
18 уроков
0
0
784м
13
Закрытый
11.1
Paleontology Meets Computing
↗
0
0
2м 5с
2
Закрытый
11.2
Which Proteins are Present in this Sample?
↗
0
0
2м 16с
1
Закрытый
11.3
Decoding an Ideal Spectrum
↗
0
0
140м 55с
1
Закрытый
11.4
From Ideal to Real Spectra
↗
0
0
4м 19с
1
Закрытый
11.5
Peptide Sequencing
↗
0
0
172м 2с
1
Закрытый
11.6
Peptide Identification
↗
0
0
91м 59с
2
Закрытый
11.7
Peptide Identification and the Infinite Monkey Theorem
↗
0
0
3м 3с
1
Закрытый
11.8
Spectral Dictionaries
↗
0
0
115м 34с
1
Закрытый
11.9
T. rex Peptides: Contaminants or Ancient Treasure Trove?
↗
0
0
2м 45с
1
Закрытый
11.10
Epilogue: From Unmodified to Modified Peptides (Part 1)
↗
0
0
1м 10с
1
Закрытый
11.11
Epilogue: From Unmodified to Modified Peptides (Part 2)
↗
0
0
251м 49с
1
Закрытый
11.12
Detour: Gene Prediction
↗
0
0
-
0
Закрытый
11.13
Detour: Finding All Paths in a Graph
↗
0
0
1м 35с
0
Закрытый
11.14
Detour: The Anti-Symmetric Path Problem
↗
0
0
-
0
Закрытый
11.15
Detour: Transforming Spectra into Spectral Vectors
↗
0
0
-
0
Закрытый
11.16
Detour: The Infinite Monkey Theorem
↗
0
0
-
0
Закрытый
11.17
Detour: The Probabilistic Space of Peptides in a Dictionary
↗
0
0
-
0
Закрытый
11.18
Detour: Are Terrestrial Dinosaurs Really the Ancestors of Birds?
↗
0
0
-
0