Курс на Stepik
Обложка курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira» на Stepik
100 ₽

Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira ★ 0.000

Открыть на
STEPIK.ORG

Пройдите стандартный пайплайн секвенирования генома от начала до конца, используя инструменты стека kira

Показатель Текущие показатели Рост
Значение 🏆 Рейтинг 3 дн 7 дн 30 дн
Количество учеников на курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Учеников на курсе 1
Сертификаты, выданные на курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Сертификатов выдано 0
Отзывы о курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Отзывов получено 0
Рейтинг курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Рейтинг курса 0.000
Уроки в курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Количество уроков 25
Тесты в курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Количество квизов 27
Стоимость курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Стоимость курса 100 ₽ —
Обновления курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Обновления курса — —
Дата публикации курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Дата публикации курса — ———
Последнее обновление курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Последнее обновление — ———
Сложность normal — ———

Содержание курса

Разделы в курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira» 6 разделов Уроки в курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira» 25 уроков Тесты в курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira» 27 тестов Последнее обновление курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira» обн. 31 августа 2026

Рабочее место биоинформатика

4 урока
1. Что вообще происходит между пробиркой и ответом ↗
2. Ставим инструменты: rustup, cargo install и первый запуск ↗
3. Терминал за двадцать минут: всё, что понадобится в курсе ↗
4. Воспроизводимость: один вход — один и тот же ответ ↗

Данные: kira-bm как пакетный менеджер биоданных

4 урока
1. Публичные базы: где лежит всё, что нужно ↗
2. Манифест проекта: kira-bm.json ↗
3. Скачиваем референс и прочтения «Дела о штамме» ↗
4. От статьи к данным: разрешение DOI и провенанс ↗

FASTQ и контроль качества прочтений

4 урока
1. FASTQ изнутри: четыре строки, которые решают всё ↗
2. Первый отчёт: kira-qc run ↗
3. Читаем отчёт как диагност ↗
4. Длинные прочтения: режим long и почему старые метрики врут ↗

Выравнивание на референс

4 урока
1. Референс, координаты и зачем нужен индекс ↗
2. Строим индекс ↗
3. Выравниваем прочтения «Дела о штамме» ↗
4. Читаем SAM и проверяем выравниватель ↗

BAM-конвейер: kira-bam

4 урока
1. Из SAM в BAM: формат, сжатие, фильтры ↗
2. Сортировка, слияние, индексация ↗
3. Дубликаты: откуда берутся и что с ними делать ↗
4. Приёмка выравнивания: flagstat, stats, покрытие ↗

От BAM к вариантам: финал «Дела о штамме»

5 уроков
1. Что такое вариант и как устроен VCF ↗
2. Вызов вариантов ↗
3. Нормализация, фильтрация и оценка набора вариантов ↗
4. Весь конвейер одним запуском ↗
5. Аннотация вариантов: от координат к биологии ↗