Курс на Stepik
Обложка курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira» на Stepik
100 ₽

Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira 0.000

Открыть на
STEPIK.ORG

Пройдите стандартный пайплайн секвенирования генома от начала до конца, используя инструменты стека kira

Показатель Текущие показатели Рост
Значение 🏆 Рейтинг 3 дн 7 дн 30 дн
Количество учеников на курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Учеников на курсе 1
Сертификаты, выданные на курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Сертификатов выдано 0
Отзывы о курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Отзывов получено 0
Рейтинг курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Рейтинг курса 0.000
Уроки в курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Количество уроков 25
Тесты в курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Количество квизов 27
Стоимость курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Стоимость курса 100 ₽
Обновления курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Обновления курса
Дата публикации курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Дата публикации курса
Последнее обновление курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira»Последнее обновление
Сложность normal

Содержание курса

Разделы в курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira» 6 разделов Уроки в курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira» 25 уроков Тесты в курсе «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira» 27 тестов Последнее обновление курса «Биоинформатика с нуля: полный геномный (WGS) конвейер на kira» обн. 31 августа 2026

Рабочее место биоинформатика

4 урока
1. Что вообще происходит между пробиркой и ответом
2. Ставим инструменты: rustup, cargo install и первый запуск
3. Терминал за двадцать минут: всё, что понадобится в курсе
4. Воспроизводимость: один вход — один и тот же ответ

Данные: kira-bm как пакетный менеджер биоданных

4 урока
1. Публичные базы: где лежит всё, что нужно
2. Манифест проекта: kira-bm.json
3. Скачиваем референс и прочтения «Дела о штамме»
4. От статьи к данным: разрешение DOI и провенанс

FASTQ и контроль качества прочтений

4 урока
1. FASTQ изнутри: четыре строки, которые решают всё
2. Первый отчёт: kira-qc run
3. Читаем отчёт как диагност
4. Длинные прочтения: режим long и почему старые метрики врут

Выравнивание на референс

4 урока
1. Референс, координаты и зачем нужен индекс
2. Строим индекс
3. Выравниваем прочтения «Дела о штамме»
4. Читаем SAM и проверяем выравниватель

BAM-конвейер: kira-bam

4 урока
1. Из SAM в BAM: формат, сжатие, фильтры
2. Сортировка, слияние, индексация
3. Дубликаты: откуда берутся и что с ними делать
4. Приёмка выравнивания: flagstat, stats, покрытие

От BAM к вариантам: финал «Дела о штамме»

5 уроков
1. Что такое вариант и как устроен VCF
2. Вызов вариантов
3. Нормализация, фильтрация и оценка набора вариантов
4. Весь конвейер одним запуском
5. Аннотация вариантов: от координат к биологии