Курс на Stepik
Обложка курса «Медицинская биоинформатика» на Stepik
Бесплатно

Медицинская биоинформатика 4.667

Открыть на
STEPIK.ORG

Медицинская биоинформатика. Базовый уровень Linux, bash, основы языка Python. Понятие NGS-секвенирования и пайплайн обработки результатов секвенирования ДНК. Молекулярное моделирование и докинг. Познакомитесь с основами персонализованной прецизионной медицины, основанной на генетических признаках, а также усвоите основы современных методов фармакопоиска.

Показатель Текущие показатели Рост
Значение 🏆 Рейтинг 3 дн 7 дн 30 дн
Количество учеников на курсе «Медицинская биоинформатика»Учеников на курсе 2 586
Сертификаты, выданные на курсе «Медицинская биоинформатика»Сертификатов выдано 0
Отзывы о курсе «Медицинская биоинформатика»Отзывов получено 6
Рейтинг курса «Медицинская биоинформатика»Рейтинг курса 4.667
Уроки в курсе «Медицинская биоинформатика»Количество уроков 85
Тесты в курсе «Медицинская биоинформатика»Количество квизов 255
Задачи с кодом в курсе «Медицинская биоинформатика»Количество задач с кодом 26
Время прохождения курса «Медицинская биоинформатика»Время прохождения курса
Обновления курса «Медицинская биоинформатика»Обновления курса
Дата публикации курса «Медицинская биоинформатика»Дата публикации курса
Последнее обновление курса «Медицинская биоинформатика»Последнее обновление

Содержание курса

Разделы в курсе «Медицинская биоинформатика» 22 раздела Уроки в курсе «Медицинская биоинформатика» 85 уроков Тесты в курсе «Медицинская биоинформатика» 255 тестов Задачи в курсе «Медицинская биоинформатика» 26 задач Время прохождения курса «Медицинская биоинформатика» 11 ч. Последнее обновление курса «Медицинская биоинформатика» обн. 26 мая 2026

Введение в алгоритмизацию и основы Python

6 уроков
1. Зачем это нужно
2. Основные достоинства языка Python
3. Основы алгоритмизации
4. Установка Python
5. Знакомство с Python
6. Работа в IDE

Основы Python: Переменные, Типы данных, Ввод/Вывод и Отладка

8 уроков
1. Понятие переменной. Оператор присваивания
2. Ввод и вывод данных
3. Основные типы данных: булевский тип, числа, строки
4. Cписки, множества, словари, кортежи
5. Строковые методы. Escape-последовательности
6. Индексация и срезы последовательностей
7. Файлы. Работа с файлами, файловый ввод и вывод
8. Способы отладки

Инструкции и циклы. Функции, классы, модули

8 уроков
1. Логические выражения. Условный оператор
2. Исключения. Перехват исключений с помощью try и except
3. Циклы while и for
4. Обход последовательностей, методы списков, множеств и словарей
5. Итераторы и оператор yield
6. Функция. Вызов функции
7. Модули и пакеты модулей
8. Классы, конструктор класса, атрибуты, наследование

Система контроля версий. Git и GitHub

5 уроков
1. Введение в GIT
2. Основные команды Git и состояния файлов
3. Ветвление и работа с ветками в Git
4. Основы работы с GitHub
5. Совместная работа и разрешение конфликтов в Git

Финальная работа

1 урок
1. Контрольное занятие

Первые шаги в ОС Linux

4 урока
1. Знакомство с ОС Linux
2. Основные понятия Linux
3. Установка: dual-boot, виртуальная машина
4. Установка: WSL

Работа в командной строке

4 урока
1. Терминал. Первые команды на Bash
2. Менеджеры пакетов apt и pip
3. Терминальный мультиплексор tmux
4. Работа в VS Code: аспекты WSL

Файловая система и пользователь

3 урока
1. Файловая система Linux
2. Доступ к файлам. Права пользователей
3. Файлы инициализации оболочки

Основные операции

6 уроков
1. Основные команды в Linux
2. Работа с файлами
3. Файловые потоки и поиск
4. Поиск файлов
5. История
6. Документация Linux

Процессы

3 урока
1. Процессы
2. Метрики
3. Контроль и планирование

Работа с файлами

6 уроков
1. Ещё немного о файловой системе
2. diff, file и компрессия
3. Текстовые редакторы
4. Чтение текста: cat и echo
5. Обработка текста
6. Анализ текста

Работа в сети

1 урок
1. Сеть

Безопасность

2 урока
1. Общие понятия о безопасности в Linux
2. Права суперпользователя: когда они нужны?

Скрипты в Linux

3 урока
1. Возможности скриптов. Синтаксис и конструкции
2. Основной синтаксис bash-скриптов
3. Конструкции

Linux для биоинформатики

2 урока
1. Понятие окружения (environment) и виртуализация
2. Менеджер пакетов conda

Финальный проект

1 урок
1. Финальный проект

Базы данных. Понятие референсного генома

3 урока
1. Базы данных в биоинформатике
2. Запросы (search filters) и система EDirect
3. Референсные геномы

Технология секвенирования. Fastq-файл

3 урока
1. Технология секвенирования
2. Формат FASTQ
3. Контроль качества

Высокопроизводительное секвенирование ДНК

3 урока
1. Выравнивание ридов
2. Поиск генетических вариантов
3. Интерпретация результатов

Метагеномика

3 урока
1. Секвенирование гена 16S рРНК
2. QIIME 2 -- основы обработки данных
3. QIIME 2 -- анализ результатов

Молекулярное моделирование

6 уроков
1. Основы структурной биоинформатики
2. 3D-структуры белков
3. Визуализация и структурный анализ белков
4. Молекулярная динамика
5. Молекулярная динамика - практика в Gromacs
6. Computer Aided Drug Design (CADD)

Финальный проект

4 урока
1. Пояснение
2. Финальный проект по молекулярному моделированию
3. Финальный проект по секвенированию ДНК
4. Финальный проект по метагеномике