Курс на Stepik
Обложка курса «Медицинская биоинформатика» на Stepik
Бесплатно

Медицинская биоинформатика ★ 4.667

Открыть на
STEPIK.ORG

Медицинская биоинформатика. Базовый уровень Linux, bash, основы языка Python. Понятие NGS-секвенирования и пайплайн обработки результатов секвенирования ДНК. Молекулярное моделирование и докинг. Познакомитесь с основами персонализованной прецизионной медицины, основанной на генетических признаках, а также усвоите основы современных методов фармакопоиска.

Показатель Текущие показатели Рост
Значение 🏆 Рейтинг 3 дн 7 дн 30 дн
Количество учеников на курсе «Медицинская биоинформатика»Учеников на курсе 2 674
Сертификаты, выданные на курсе «Медицинская биоинформатика»Сертификатов выдано 0
Отзывы о курсе «Медицинская биоинформатика»Отзывов получено 6
Рейтинг курса «Медицинская биоинформатика»Рейтинг курса 4.667
Уроки в курсе «Медицинская биоинформатика»Количество уроков 85
Тесты в курсе «Медицинская биоинформатика»Количество квизов 255
Задачи с кодом в курсе «Медицинская биоинформатика»Количество задач с кодом 26
Время прохождения курса «Медицинская биоинформатика»Время прохождения курса —
Обновления курса «Медицинская биоинформатика»Обновления курса — —
Дата публикации курса «Медицинская биоинформатика»Дата публикации курса — ———
Последнее обновление курса «Медицинская биоинформатика»Последнее обновление — ———

Содержание курса

Разделы в курсе «Медицинская биоинформатика» 22 раздела Уроки в курсе «Медицинская биоинформатика» 85 уроков Тесты в курсе «Медицинская биоинформатика» 255 тестов Задачи в курсе «Медицинская биоинформатика» 26 задач Время прохождения курса «Медицинская биоинформатика» 11 ч. Последнее обновление курса «Медицинская биоинформатика» обн. 1 октября 2026

Введение в алгоритмизацию и основы Python

6 уроков
1. Зачем это нужно ↗
2. Основные достоинства языка Python ↗
3. Основы алгоритмизации ↗
4. Установка Python ↗
5. Знакомство с Python ↗
6. Работа в IDE ↗

Основы Python: Переменные, Типы данных, Ввод/Вывод и Отладка

8 уроков
1. Понятие переменной. Оператор присваивания ↗
2. Ввод и вывод данных ↗
3. Основные типы данных: булевский тип, числа, строки ↗
4. Cписки, множества, словари, кортежи ↗
5. Строковые методы. Escape-последовательности ↗
6. Индексация и срезы последовательностей ↗
7. Файлы. Работа с файлами, файловый ввод и вывод ↗
8. Способы отладки ↗

Инструкции и циклы. Функции, классы, модули

8 уроков
1. Логические выражения. Условный оператор ↗
2. Исключения. Перехват исключений с помощью try и except ↗
3. Циклы while и for ↗
4. Обход последовательностей, методы списков, множеств и словарей ↗
5. Итераторы и оператор yield ↗
6. Функция. Вызов функции ↗
7. Модули и пакеты модулей ↗
8. Классы, конструктор класса, атрибуты, наследование ↗

Система контроля версий. Git и GitHub

5 уроков
1. Введение в GIT ↗
2. Основные команды Git и состояния файлов ↗
3. Ветвление и работа с ветками в Git ↗
4. Основы работы с GitHub ↗
5. Совместная работа и разрешение конфликтов в Git ↗

Финальная работа

1 урок
1. Контрольное занятие ↗

Первые шаги в ОС Linux

4 урока
1. Знакомство с ОС Linux ↗
2. Основные понятия Linux ↗
3. Установка: dual-boot, виртуальная машина ↗
4. Установка: WSL ↗

Работа в командной строке

4 урока
1. Терминал. Первые команды на Bash ↗
2. Менеджеры пакетов apt и pip ↗
3. Терминальный мультиплексор tmux ↗
4. Работа в VS Code: аспекты WSL ↗

Файловая система и пользователь

3 урока
1. Файловая система Linux ↗
2. Доступ к файлам. Права пользователей ↗
3. Файлы инициализации оболочки ↗

Основные операции

6 уроков
1. Основные команды в Linux ↗
2. Работа с файлами ↗
3. Файловые потоки и поиск ↗
4. Поиск файлов ↗
5. История ↗
6. Документация Linux ↗

Процессы

3 урока
1. Процессы ↗
2. Метрики ↗
3. Контроль и планирование ↗

Работа с файлами

6 уроков
1. Ещё немного о файловой системе ↗
2. diff, file и компрессия ↗
3. Текстовые редакторы ↗
4. Чтение текста: cat и echo ↗
5. Обработка текста ↗
6. Анализ текста ↗

Работа в сети

1 урок
1. Сеть ↗

Безопасность

2 урока
1. Общие понятия о безопасности в Linux ↗
2. Права суперпользователя: когда они нужны? ↗

Скрипты в Linux

3 урока
1. Возможности скриптов. Синтаксис и конструкции ↗
2. Основной синтаксис bash-скриптов ↗
3. Конструкции ↗

Linux для биоинформатики

2 урока
1. Понятие окружения (environment) и виртуализация ↗
2. Менеджер пакетов conda ↗

Финальный проект

1 урок
1. Финальный проект ↗

Базы данных. Понятие референсного генома

3 урока
1. Базы данных в биоинформатике ↗
2. Запросы (search filters) и система EDirect ↗
3. Референсные геномы ↗

Технология секвенирования. Fastq-файл

3 урока
1. Технология секвенирования ↗
2. Формат FASTQ ↗
3. Контроль качества ↗

Высокопроизводительное секвенирование ДНК

3 урока
1. Выравнивание ридов ↗
2. Поиск генетических вариантов ↗
3. Интерпретация результатов ↗

Метагеномика

3 урока
1. Секвенирование гена 16S рРНК ↗
2. QIIME 2 -- основы обработки данных ↗
3. QIIME 2 -- анализ результатов ↗

Молекулярное моделирование

6 уроков
1. Основы структурной биоинформатики ↗
2. 3D-структуры белков ↗
3. Визуализация и структурный анализ белков ↗
4. Молекулярная динамика ↗
5. Молекулярная динамика - практика в Gromacs ↗
6. Computer Aided Drug Design (CADD) ↗

Финальный проект

4 урока
1. Пояснение ↗
2. Финальный проект по молекулярному моделированию ↗
3. Финальный проект по секвенированию ДНК ↗
4. Финальный проект по метагеномике ↗