Курс на Stepik
Обложка курса «Введение в NGS» на Stepik
Бесплатно

Введение в NGS 4.617

Открыть на
STEPIK.ORG

В курсе «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества и многими другими аспектами применения этих технологий. Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

Показатель Текущие показатели Рост
Значение 🏆 Рейтинг 3 дн 7 дн 30 дн
Количество учеников на курсе «Введение в NGS»Учеников на курсе 14 791
Сертификаты, выданные на курсе «Введение в NGS»Сертификатов выдано 559
Отзывы о курсе «Введение в NGS»Отзывов получено 47
Рейтинг курса «Введение в NGS»Рейтинг курса 4.617
Уроки в курсе «Введение в NGS»Количество уроков 28
Тесты в курсе «Введение в NGS»Количество квизов 90
Время прохождения курса «Введение в NGS»Время прохождения курса
Обновления курса «Введение в NGS»Обновления курса
Дата публикации курса «Введение в NGS»Дата публикации курса
Последнее обновление курса «Введение в NGS»Последнее обновление
Сложность normal

Содержание курса

Разделы в курсе «Введение в NGS» 4 раздела Уроки в курсе «Введение в NGS» 28 уроков Тесты в курсе «Введение в NGS» 90 тестов Время прохождения курса «Введение в NGS» 31 ч. Последнее обновление курса «Введение в NGS» обн. 1 год назад

Введение в молекулярную биологию и секвенирование

7 уроков
1. Введение
2. Основные концепции молекулярной биологии
3. Геномы эукариот и прокариот
4. Компоненты клетки
5. Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
6. Что такое секвенирование? Секвенирование по Сэнгеру
7. NGS: Обзор существующих технологий

Основные применения секвенирования

8 уроков
1. Введение
2. Приготовление типичной NGS-библиотеки
3. Три типа применения NGS
4. Методы de novo: сборка геномов и транскриптомов
5. Методы ресеквенирования в применении к геномам и транскриптомам
6. Позиционные методы: MNase-seq, DNase-seq, ATAC-seq
7. Позиционные методы: ChIP-seq
8. Методы определения 3D-структуры ДНК: 3C, 4C, 5C, Hi-C

Работа с данными NGS: прочтения и контроль качества

5 уроков
1. Введение
2. Референсные геномы. Форматы FASTA и FASTQ
3. Геномные интервалы. Формат BED
4. Аннотация геномов. Форматы GTF и GFF
5. Контроль качества сырых прочтений: FastQC

Выравнивание, базовые статистики и визуализация геномных данных

8 уроков
1. Введение
2. Концепция и алгоритмы выравнивания последовательностей
3. BLAST и его варианты
4. Форматы SAM, BAM и CRAM. Использование samtools
5. Статистика выравнивания. Выравнивание на геном и транскриптом
6. Визуализация результатов NGS-эксперимента. Геномные браузеры
7. Взаимопревращение форматов данных. Набор утилит UCSC
8. Заключение