Курс на Stepik
Обложка курса «Введение в NGS» на Stepik
Бесплатно

Введение в NGS ★ 4.617

Открыть на
STEPIK.ORG

В курсе «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества и многими другими аспектами применения этих технологий. Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

Показатель Текущие показатели Рост
Значение 🏆 Рейтинг 3 дн 7 дн 30 дн
Количество учеников на курсе «Введение в NGS»Учеников на курсе 14 958
Сертификаты, выданные на курсе «Введение в NGS»Сертификатов выдано 560
Отзывы о курсе «Введение в NGS»Отзывов получено 47
Рейтинг курса «Введение в NGS»Рейтинг курса 4.617
Уроки в курсе «Введение в NGS»Количество уроков 28
Тесты в курсе «Введение в NGS»Количество квизов 90
Время прохождения курса «Введение в NGS»Время прохождения курса —
Обновления курса «Введение в NGS»Обновления курса — —
Дата публикации курса «Введение в NGS»Дата публикации курса — ———
Последнее обновление курса «Введение в NGS»Последнее обновление — ———
Сложность normal — ———

Содержание курса

Разделы в курсе «Введение в NGS» 4 раздела Уроки в курсе «Введение в NGS» 28 уроков Тесты в курсе «Введение в NGS» 90 тестов Время прохождения курса «Введение в NGS» 31 ч. Последнее обновление курса «Введение в NGS» обн. 1 год назад

Введение в молекулярную биологию и секвенирование

7 уроков
1. Введение ↗
2. Основные концепции молекулярной биологии ↗
3. Геномы эукариот и прокариот ↗
4. Компоненты клетки ↗
5. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) ↗
6. Что такое секвенирование? Секвенирование по Сэнгеру ↗
7. NGS: Обзор существующих технологий ↗

Основные применения секвенирования

8 уроков
1. Введение ↗
2. Приготовление типичной NGS-библиотеки ↗
3. Три типа применения NGS ↗
4. Методы de novo: сборка геномов и транскриптомов ↗
5. Методы ресеквенирования в применении к геномам и транскриптомам ↗
6. Позиционные методы: MNase-seq, DNase-seq, ATAC-seq ↗
7. Позиционные методы: ChIP-seq ↗
8. Методы определения 3D-структуры ДНК: 3C, 4C, 5C, Hi-C ↗

Работа с данными NGS: прочтения и контроль качества

5 уроков
1. Введение ↗
2. Референсные геномы. Форматы FASTA и FASTQ ↗
3. Геномные интервалы. Формат BED ↗
4. Аннотация геномов. Форматы GTF и GFF ↗
5. Контроль качества сырых прочтений: FastQC ↗

Выравнивание, базовые статистики и визуализация геномных данных

8 уроков
1. Введение ↗
2. Концепция и алгоритмы выравнивания последовательностей ↗
3. BLAST и его варианты ↗
4. Форматы SAM, BAM и CRAM. Использование samtools ↗
5. Статистика выравнивания. Выравнивание на геном и транскриптом ↗
6. Визуализация результатов NGS-эксперимента. Геномные браузеры ↗
7. Взаимопревращение форматов данных. Набор утилит UCSC ↗
8. Заключение ↗