Курс на Stepik
Обложка курса «Введение в NGS» на Stepik
Бесплатно

Введение в NGS ★ 4.617

Открыть на
STEPIK.ORG

В курсе «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества и многими другими аспектами применения этих технологий. Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

Показатель Текущие показатели Рост
Значение 🏆 Рейтинг 3 дн 7 дн 30 дн
Количество учеников на курсе «Введение в NGS»Учеников на курсе 14 565
Сертификаты, выданные на курсе «Введение в NGS»Сертификатов выдано 555
Отзывы о курсе «Введение в NGS»Отзывов получено 47
Рейтинг курса «Введение в NGS»Рейтинг курса 4.617
Уроки в курсе «Введение в NGS»Количество уроков 28
Тесты в курсе «Введение в NGS»Количество квизов 90
Время прохождения курса «Введение в NGS»Время прохождения курса —
Обновления курса «Введение в NGS»Обновления курса — —
Дата публикации курса «Введение в NGS»Дата публикации курса — ———
Последнее обновление курса «Введение в NGS»Последнее обновление — ———
Сложность normal — ———

Содержание курса

Разделы в курсе «Введение в NGS» 4 раздела Уроки в курсе «Введение в NGS» 28 уроков Тесты в курсе «Введение в NGS» 90 тестов Время прохождения курса «Введение в NGS» 31 ч. Последнее обновление курса «Введение в NGS» обн. 1 год назад

1. Введение в молекулярную биологию и секвенирование

7 уроков
Открытый
1.1 Введение ↗
13 198
8 131
1м 2с
116
Открытый
1.2 Основные концепции молекулярной биологии ↗
8 769
5 147
16м 22с
97
Открытый
1.3 Геномы эукариот и прокариот ↗
6 881
4 962
18м 52с
62
Открытый
1.4 Компоненты клетки ↗
5 982
4 769
15м 52с
67
Открытый
1.5 Полимеразная цепная реакция (ПЦР) ↗
6 184
3 412
33м 32с
94
Открытый
1.6 Что такое секвенирование? Секвенирование по Сэнгеру ↗
7 069
3 704
38м 26с
50
Открытый
1.7 NGS: Обзор существующих технологий ↗
6 508
3 758
36м 13с
50

2. Основные применения секвенирования

8 уроков
Открытый
2.1 Введение ↗
5 051
4 181
0м 21с
17
Открытый
2.2 Приготовление типичной NGS-библиотеки ↗
5 160
3 259
25м 46с
63
Открытый
2.3 Три типа применения NGS ↗
5 066
3 519
21м 14с
62
Открытый
2.4 Методы de novo: сборка геномов и транскриптомов ↗
4 381
2 759
30м 30с
60
Открытый
2.5 Методы ресеквенирования в применении к геномам и транскриптомам ↗
3 843
2 448
52м 41с
69
Открытый
2.6 Позиционные методы: MNase-seq, DNase-seq, ATAC-seq ↗
3 426
1 890
24м 35с
54
Открытый
2.7 Позиционные методы: ChIP-seq ↗
3 268
1 714
44м 43с
6
Открытый
2.8 Методы определения 3D-структуры ДНК: 3C, 4C, 5C, Hi-C ↗
3 095
2 054
25м 44с
60

3. Работа с данными NGS: прочтения и контроль качества

5 уроков
Открытый
3.1 Введение ↗
3 656
3 018
1м 32с
31
Открытый
3.2 Референсные геномы. Форматы FASTA и FASTQ ↗
4 069
1 227
94м 46с
84
Открытый
3.3 Геномные интервалы. Формат BED ↗
3 128
911
103м 57с
59
Открытый
3.4 Аннотация геномов. Форматы GTF и GFF ↗
2 975
570
316м 54с
59
Открытый
3.5 Контроль качества сырых прочтений: FastQC ↗
2 733
835
92м 59с
40

4. Выравнивание, базовые статистики и визуализация геномных данных

8 уроков
Открытый
4.1 Введение ↗
2 463
1 783
0м 23с
8
Открытый
4.2 Концепция и алгоритмы выравнивания последовательностей ↗
2 804
1 563
66м 28с
71
Открытый
4.3 BLAST и его варианты ↗
2 525
652
146м 12с
36
Открытый
4.4 Форматы SAM, BAM и CRAM. Использование samtools ↗
2 428
499
314м 25с
37
Открытый
4.5 Статистика выравнивания. Выравнивание на геном и транскриптом ↗
2 101
379
205м 34с
26
Открытый
4.6 Визуализация результатов NGS-эксперимента. Геномные браузеры ↗
2 095
255
106м 30с
26
Открытый
4.7 Взаимопревращение форматов данных. Набор утилит UCSC ↗
1 619
270
76м 22с
22
Открытый
4.8 Заключение ↗
1 557
1 055
0м 29с
14